Вопрос

Как правильно: управление системных проектов или управление системными проектами?

Падеж зависимого слова определяется значением слова управление.

Если слово управление в значении «регулирование хода, движения, работы чего-нибудь», то зависимое слово в тв. п.: управление чем — управление атомобилем, управление имением; управление системными проектами (регулирование их хода, движения). В этом случае существительное управление сохраняет глагольную грамматику, ср.: управлять чем – управление чем.

Если слово управление в значении «административный орган», то зависимое слово в род. п.: управление чего – управление железной дороги, управление воздушного флота; управление системных проектов (учреждение, организация, которая руководит такими проектами); управления образования Московской области (= учреждение).

Правильно

управление чего (= административный орган) и управление чем (= руководство ходом, процессом).