Верно: флеш-накопитель.
В этом слове согласный ф произносится мягко, произношение интер[фэ]йс неправильно.
Запятые нужны: ...писать через "е" такие слова, как "кэш", "хэш" и "каратэ", – это сущее издевательство над логикой. Это предложение из вопроса нашего посетителя. В текстах вопросов сохраняется орфография и пунктуация автора.
Верно: флеш-хроматография.
Орфографический словарь
Это слово уже зафиксировано в академическом орфографическом словаре.