Нет оснований ставить эти запятые: Организация ежегодно в установленные заказчиком сроки представляет план мероприятий... Отчет представляется ежемесячно в срок до 15-го числа на бумажном носителе.
Запятая ставится, так как далее идет причастный оборот.
Правильно: 6 (шести) комплектов, 6-го (шестого) комплекта.
Обособление не требуется. Верно дефисное написание: ЭЦ-подпись.
Может быть, лучше так: Отчет о выполнении финансового плана напечатан на бумаге.
Бумажный носитель документов - это, конечно же, страшный канцеляризм, как и документы в бумажном виде. Может быть, перефразировать так: передать бумажные копии документов, передать бумаги (документы)... Нужно подумать над удачным вариантом.